In der ersten Schicht im Waldgarten pflanzt man die größten Bäume, wie im Falle einer kontinentalklimatischen Zone die Eiche oder Buche, aber auch die Robinie, Akazie und Gleditschie. Nussbäume wie die Walnuss oder Edelkastanie sind in dieser Schicht eine gute Wahl, ebenso wie auch andere Bäume wie der Maulbeerbaum oder die Paulownia.

Diese Bäume erfüllen die Funktion, dass sie im Boden Stickstoff speichern können und man sie zugleich als Nutzholz verwenden kann.

Wichtig vor dem Pflanzen der Bäume ist aber, dass die Lebensdauer sowie der Lichteinfall berücksichtigt wird. Akazienarten gehören zu den vergleichsweise schnell wachsenden Baumarten; sie werden unter Umständen nur 30 – 100 Jahre alt, was sie insbesondere attraktiv macht, da sie zu einer schnellen Bodenverbesserung und Nutzholzgewinnung beitragen. Die Nutzholzgewinnung trägt außerdem dazu bei, dass die Bäume, welche unter der Akazie gepflanzt werden, eine erhöhte Lichtausbeute haben.

Der regelmäßige Baumschnitt der Stickstoffsammler setzt Stickstoff frei. Das jährlich abgeworfene Laub begünstigt außerdem die Humusbildung, da das Laub der Stickstoffsammler sehr eiweißhaltig ist.

Die zweite Schicht besteht aus mittelgroßen Obstbäumen, die pflegeleicht sind und wenig zurückgeschnitten werden müssen. Diese Bäume sollten auf eine Höhe von 3 – 10 Meter wachsen, dabei wird die Höhe durch einen Rückschnitt reguliert oder einen langsam wachsenden Wurzelstock. Das bedeutet, dass ein Obstbaum ausgewählt wird, welcher auf einer schwachwüchsigen Unterlage veredelt wurde, die dazu führt, dass der Baum nur noch halb so groß werden kann – daher spricht man hierbei auch von einem „Halbstamm“. Es gibt aber auch Niederstämme, welche noch kleinwüchsiger sind.

Die dritte Schicht des Waldgartens umfasst blühende, fruchttragende, wilde sowie andere nützliche Sträucher. Diese sind beispielsweise die Heidelbeere, Rose, Haselnuss, Brombeere oder der Schmetterlingsstrauch. Ebenso kommen stickstoffbindende Arten in Betracht. Im feuchten Kontinentalklima sowie im trockenen Sommerklima ist die Auswahl der Sträucher, die in Betracht kommen, sehr groß.

Die Sträucher können nach verschiedenen Pflanzungsabsichten ausgewählt werden. So können die Sträucher zwecks Nahrungsversorgung, Verschönerung (vor allem bei Zierpflanzen wie Rosen), Unterstützung für Insekten und Vögel oder zur Hervorhebung sowie Begünstigung der Biodiversität ausgesucht werden. Außerdem kann man sich die Frage stellen, ob man auf einheimische Sorten oder Exoten zurückgreift. Dem Einfallsreichtum setzen die zahlreichen verschiedenen Sträucher keine Grenzen!

Die Verschiedenartigkeit der Sträucher lässt sich auch daran erkennen, dass diese sehr klein ausfallen können, wie im Falle der Heidelbeere, oder aber auch nahezu groß wie ein Baum sein können, wie manche Haselnusssträucher. Dies sollte man vor dem Pflanzen unbedingt beachten: Spalten, Öffnungen oder Nischen sollten dann mit zu der Wuchshöhe passenden Sträuchern bepflanzt werden. Hierbei ist ebenso wichtig, dass der Lichteinfall berücksichtigt wird. So können unter Bäumen schattentolerante Pflanzen stehen, während in sonnigen Zwischenräumen Sträucher gepflanzt werden sollten, die gerne mehr Sonne abbekommen.

Diese Schicht kann allerlei enthalten. Kleinwüchsige Arten und große Kräuter gehören dazu. Es sind verschiedenste Kräuter- und Gemüsekombinationen, die zwischen Bäumen und Sträuchern ihren sicheren Platz einnehmen.

Diese Schicht wächst wunderbar in dem fruchtbaren Boden, der von den Bäumen geschützt und gedüngt wird.

Küchenkräuter sind Pflanzen, die gerne zum Würzen von Speisen oder auch Getränken genutzt werden. Sie geben ein besonderes Aroma, also einen bestimmten Geruch oder Geschmack. Mit Zitronenmelisse zum Beispiel bekommt man Frische ins Mineralwasser.

Diese Schicht weist einige Ähnlichkeiten mit der vierten Schicht sowie der Schicht der Bodendecker auf. Trotzdem unterscheidet sich die sechste Schicht von den anderen Schichten, da die Pflanzen, welche in dieser Schicht zu finden sind, oft Schatten besser vertragen und viel näher am Boden wachsen, um kahle Stellen auszufüllen. Außerdem macht ihnen Fußgängerverkehr weniger aus.

Pflanzen dieser bodenbedeckenden Schicht sind Minze, Zitronenmelisse, Erdbeeren, Baldrian, Kapuziner Kresse, Borretsch, Schafgarbe, Kriech-Thymian, kriechender Rosmarin sowie Oregano.

Die sechste Schicht wird auch als Rhizosphäre bezeichnet, sprich als unmittelbar durch lebende Wurzeln beeinflussten Raum im Boden. Diese Schicht ist einzigartig, da sie der Produktion von Nahrungsmitteln dient sowie der Schaffung von Bodenleben. Wenn sie mit biologischer Vielfalt gefüllt ist, schafft die Wurzelschicht Wege für Wasser und Luft, was dadurch Leben sowie organisches Material in den Boden bringt.

Wurzelgemüse wie Kartoffeln, Pastinaken, Beinwell und Karotten gehören zur fünften Schicht des Waldgartens. Diese Schicht lockert nämlich mithilfe der Wurzeln den Boden. Diese befördern Mineralien aus tieferen Schichten in die Blätter der Pflanzen, wo sie gespeichert werden. Anorganische Mineralien werden in den Pflanzen zu organischen Mineralien verstoffwechselt, welche wiederum in der Humusschicht von Destruenten, sprich bestimmten, zersetzenden Kleinstlebewesen, verdaut werden. Das Endprodukt dieser Vorgänge ist Humus, welcher für das Pflanzenwachstum unabdingbar ist.

Die Reben und Kletterpflanzen erstrecken sich über mehrere Schichten, je nachdem, wie sie geschnitten werden, oder ob sie selbstständig klettern. Das Integrieren dieser Pflanzen in den Waldgarten bietet die großartige Möglichkeit, mehr Produktivität auf einem kleinen Raum zu schaffen. Maßnahmen, um das Wachstum dieser Pflanzengruppe zu kontrollieren, sind vor allem in Hinblick darauf sinnvoll, wenn man sich Weintrauben auf einem 20 Meter hohem Walnussbaum vorstellt. Der Versuch, diese zu pflücken, kann – gelinde gesagt – interessant sein.

Die siebte Schicht ist für Kletterpflanzen gedacht, die Stämme und Äste hochklettern und so die ungenutzten Bereiche der überaus wichtigen „dritten Dimension“ mit Nahrung und Lebensraum füllen. Anzutreffen sind hier Nahrungspflanzen wie Kiwis, Trauben, Hopfen, Passionsblumen und Weintrauben. Nahrungspflanzen für Tiere wären in diesem Fall beispielsweise das Geißblatt oder die Trompetenblume. Dazu können einjährige Kletterpflanzen wie der Kürbis, Gurken sowie Melonen verwendet werden.. Vorsicht ist jedoch bei der Auswahl der mehrjährigen Reben geboten, da einige invasiv oder erwürgend sein können. Sie sollten daher sparsam und wohlbedacht eingesetzt werden.